运费抵扣的计算方法主要依据相关税法规定，具体如下：
运费进项税额的计算公式
运费进项税额 = 运费 × 扣除率。
扣除率根据运费性质的不同而有所变化，一般纳税人支付非农产品运输费用的扣除率为7%，而支付农产品运输费用的扣除率为11%。
进项税额的抵扣条件
纳税人必须取得合法的增值税专用发票或其他规定的扣税凭证，才能进行进项税额的抵扣。
抵扣的进项税额应用于生产经营所需，如属于集体福利或个人消费，则不能从销项税额中抵扣。
不同运输方式的进项税额计算
航空运输：进项税额 = （票价 + 燃油附加费） ÷ （1 + 9%） × 9%。
铁路运输：进项税额 = 票面金额 ÷ （1 + 9%） × 9%。
公路、水路运输：进项税额 = 票面金额 ÷ （1 + 3%） × 3%。
其他相关注意事项
运费发票上注明的运费金额应不包括装卸费、保险费等其他杂费。
纳税人支付国内旅客运输服务的进项税额，可以按规定从销项税额中抵扣，但未取得增值税专用发票的情况下，需要按照相关公告规定的方法计算进项税额。
综上所述，运费抵扣的计算方法主要依据运费性质、相关税法规定及具体运输方式，按照规定的扣除率进行计算，并需满足相关抵扣条件。